Tak. Możesz śmiało wywalić te apki z biblioteki iTunes.
Jedna moja uwaga. Zgadzam się, że usunięcie aplikacji z bazy iTunes na komputerze jest możliwe i zalecane w sytuacji np. braku miejsca na dysku. Generalnie wszystkie aplikacje można pobrać ponownie z AppStore, ale zdarza się, że jakaś z nich zostaje ze sklepu usunięta, czy to przez developera, czy przez samo Apple i w takiej sytuacji już nie ma możliwości pobrania jej ponownie na i-urządzenie, jeżeli nie ma się jej zgranej na własnym komputerze. Aplikację taką tracimy bezpowrotnie nawet jeżeli kosztowała ona nas spore pieniądze. Ponadto w takim przypadku będzie potrzebna, jak napisał Winmaciek, starsza wersja iTunes, która obsługuje zarządzanie aplikacjami w podłączanych urządzeniach. Generalnie trzeba pamiętać, że kopie zapasowe i-urządzeń robione zarówno do iCloud, jak też w iTunes nie zawierają aplikacji, a jedynie dane przez nie zapisane i przy każdorazowym odtwarzaniu systemu są one ponownie pobierane z AppStore (o ile w nim jeszcze są).