bielin, wchodzisz w iTunes - klikasz obok Jabłka na górze iTunes -> Preferencje. W nowo otwartym oknie masz coś takiego:

Ta druga opcja, POKAŻ APPLE MUSIC - może zostać zaznaczona i nie wpływa na synchronizację iPhone <-> MacBook.
Teraz przechodzimy do iPhone:

Opcja wyłączenia iTunes Match oraz Biblioteka iTunes iCloud jest w USTAWIENIACH -> MUZYKA

Wyłączasz Bibliotekę iCloud oraz iTunes Match.
Resetujesz obydwa urządzenia: MacBook'a oraz iPhone i powinno zadziałać - przynajmniej u mnie zadziałało, a też trochę się nakonfigurowałem po aktualizacji iTunes żeby móc przerzucać mp3 "tak jak było kiedyś" =)
// Co do katalogu iTunes zdublowanego czyli pliki mp3 zarówno na Pulpicie jak i w katalogu na dysku - wystarczy odznaczyć tylko jedną opcję w:
iTunes -> Preferencje -> Zaawansowane (zakładka) -> i odznaczasz tą opcję:
