tutaj wytlumaczone i pokazane bardzo dobrze:

How to move an iTunes library to an external drive | The Download Blog - Download.com

Mam ten sam problem, z tym że ja nie chcę by iTunes mi to robił po swojemu bo dysku też używam na innych maszynach windowsowych.
Chcę zachować struktury katalogów, a po każdym wypięciu dysku jest problem...
Drażni mnie ten iTunes.